Dywedir bod Cadfan Sant (ni ddylid cymysgu rhyngddo â Brenin Cadfan o Wynedd, noddwr Beuno Sant) yn Uchelwr Llydewig (er mae’n bosib iddo hanu o Llanilltud Fawr ym Mro Morgannwg mewn gwirionedd) a gyrhaeddodd ym Meirionnydd ar ddiwedd y 6ed ganrif. Sefydlodd fynachlog neu ‘Clas’ yn Nhywyn, cyn derbyn Ynys Enlli gan Einion Sant, Brenin Llŷn, a dod yn abad arni.
Ysbeiliwyd yr eglwys gan y Llychlynwyr yn 963, ond yr oedd yn amlwg yn ôl mewn busnes fel safle pwysig ar gyfer pererinion yn y ddeuddegfed ganrif pan ysgrifennodd Llywelyn Fardd awdl i’r eglwys a’i nawddsant, gan nodi’r cysegr a’r gwyrthiau a oedd i’w cael yno.
Ceidw’r corff presennol lawer o’i strwythur deuddegfed ganrif, gyda cholofnau crwn anferth a bwâu a ffenestri Romanésg crwn, nodwedd unigryw yng Ngwynedd. Disgynnodd y tŵr croes gwreiddiol yn 1692, ond ychwanegwyd tŵr newydd yn 1792 a’i newid yn 1884 am y tŵr a welir heddiw.
Un o brif drysorau’r eglwys hon yw ‘Carreg Cadfan’ – carreg goffa o’r 7fed ganrif sydd yn cynrychioli’r enghraifft gynharaf, mae’n debyg, o ysgrifen yn yr iaith Gymraeg. Ceir hefyd sawl cofeb arall sydd yn hynafol iawn.
Saint Cadfan (not to be confused with King Cadfan of Gwynedd, the patron of St Beuno) was said to be a Breton Nobleman (though he may in fact have been from Llantwit Major in the Vale of Glamorgan) who arrived in Meirionnydd in the late 6th century. He founded a monastery or ‘Clas’ at Tywyn, before receiving Bardsey Island from Saint Einion, King of Llŷn, and becoming its abbot.
The church was sacked by the Vikings in 963, but was clearly back in business as a major pilgrim site in the twelfth century when Llywelyn Fardd wrote an ode to both the church and its patron saint, noting the sanctuary and miracles to be found there.
The current nave retains much of its twelfth-century structure, with massive round pillars and round, Romanesque arches and windows, unique in Gwynedd. The original crossing tower collapsed in 1692, but a new tower was added in 1792 and then replaced in 1884 with the tower seen today.
Chief among the treasures of this church is the ‘Cadfan Stone’ - a memorial stone from the 7th century that represents the earliest known written example in the Welsh language. There are also a number of other memorials of considerable antiquity.